Sau khi lắp đặt máy bơm nước năng lượng mặt trời bạn hoàn toàn có thể di dời toàn bộ hệ thống nhanh chóng và dễ dàng. Tuy nhiên, khi di chuyển các tấm quang điện mặt trời cần cẩn thận bề mặt tấm quang điện, tránh gây nứt vỡ.
Vào những ngày nhiều mây và sương mù, máy có thể hoạt động nhưng hiệu suất không cao. Cần có những biện pháp khắc phục những ngày thời tiết không thuận lợi như lắp đặt thêm tấm quang điện, lắp thêm bộ lưu trữ, kết nối điện lưới hoặc sử dụng máy nổ động cơ Diesel để cung cấp năng lượng cho máy bơm hoạt động.
Đối với máy bơm năng lượng mặt trời, các tấm quang điện nên đặt ở những nơi đón nắng, không bị các vật cản che lấp ánh sáng mặt trời, những nơi ít bụi bặm bởi các yếu tố này tác động khá lớn đến hiệu suất tạo ra nguồn điện. Ngoài ra, các tấm quang điện mặt trời nên được đặt càng gần máy bơm càng tốt để giảm thiểu hao hụt công suất do truyền tải. Về nguồn nước, nên chọn vị trí có mạch nước ngầm cao nhất để đặt máy, như vậy sẽ nâng cao hiệu quả hoạt động của toàn bộ hệ thống.