Việc vận hành các hồ chứa trên lưu vực sông Hồng tiếp tục thực hiện theo quy định tại Quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Hồng ban hành kèm theo Quyết định 1622/QĐ-TTg ngày 17/9/2015 của Thủ tướng Chính phủ đến khi Quy trình vận hành mới có hiệu lực.
Theo Quy trình hiện hành, trong mùa lũ phải bảo đảm an toàn tuyệt đối cho các công trình thủy điện, không được để mực nước các hồ chứa vượt cao trình mực nước gia cường với mọi trận lũ nhỏ hơn hoặc bằng lũ thiết kế tần suất 0,01% đối với các hồ Lai Châu, Hoà Bình và Thác Bà; tiếp đó, phải bảo đảm an toàn chống lũ cho hạ du và bảo đảm hiệu quả phát điện.
Ngoài ra, để tránh thiệt hại đến công trình đầu mối, công trình đê điều, phương tiện giao thông thủy, sạt lở bờ sông và ảnh hưởng sản xuất của nhân dân ở hạ du, Quy trình quy định việc vận hành xả lũ các hồ như sau: Hồ Hòa Bình đóng, mở lần lượt 6 cửa xả đáy đầu tiên, mỗi cửa cách nhau 6 giờ, các cửa tiếp theo có thể đóng, mở nhanh hơn. Hồ Tuyên Quang đóng, mở lần lượt 4 cửa xả đáy đầu tiên, mỗi cửa cách nhau 6 giờ, các cửa tiếp theo có thể đóng, mở nhanh hơn. Đối với thời kỳ xả hiệu chỉnh vào cuối mùa lũ, cho phép thời gian đóng, mở cửa xả đáy cuối cùng nhanh hơn, tùy theo lưu lượng nước đến hồ. Khi xả lũ bảo đảm an toàn công trình, được phép đóng, mở cấp tốc các cửa xả, thời gian đóng mở các cửa xả thực hiện theo quy định thao tác của thiết bị.